جمهوري قرقيزستان داراي 32 دانشگاه دولتي و 20 دانشگاه غير دولتي است كه مجموعا در حدود 200 هزار دانشجو در آنها مشغول به تحصيل مي باشند. برخي از مهمترين دانشگاه ها و مراكز علمي عالي قرقيزستان عبارتند از:

مؤسسه آموزشي وابسته نهاد رياست جمهوري،

دانشگاه علوم انساني،

دانشگاه ملي قرقيزستان،

آكادمي علوم پزشكي،

موسسه آموزشي معدن و متالورژي،

دانشگاه تربيت مدرس آرابايف،

دانشگاه بين المللي قرقيزستان،

دانشگاه تركي- قرقيزي ماناس،

دانشگاه فني قرقيزستان،

هنرستان عالي موسيقي،

دانشگاه روسي- قرقيزي اسلاوياني

، دانشگاه آمريكايي آسياي مركزي،

آكادمي علوم ديپلماتيك وابسته به وزارت امور خارجه،

دانشگاه اسلامي.